2Dのドットで描かれてたファミコンやゲーボーイの頃のマリオは、確かに水中ステージでも無呼吸で行動できましたよね。タイム制限が呼吸時間なのかとも思いましたが、地上でも普通にカウントダウンされますからね。よくよく考えるとおかしいのですが、当時のゲーム機の性能ではそんな細かい処理ができなったのでしょう。
NINTENDO64で発売されたスーパーマリオ64からはマリオが3Dになり、呼吸メーターの概念ができた様です。

ゲーム機の性能が上がれば表現できることは増えますが、それに伴って実際の人間に近くなる弊害があるんですね。もしかしたら将来的にジャンプの高さが人間と同等の制限のあるマリオなどが登場するかもしれませんね。