日本歯科医学会では患者ごとに機器を交換し、高温の蒸気発生装置で滅菌するよう定めていますが、現場では未だに徹底されているとは言えない様ですね。
ドリルを取り付ける「ハンドピース」と呼ばれる部分はどうしても細菌や血液などが付着しやすく、それを使い回すと次の患者に肝炎などの病気を感染させるリスクがある様です。
確かにドリルは実際に口に入るので毎回交換するでしょうが柄の部分を毎回交換するのには費用が掛かる為難しいのかもしれません。

気になる様でしたら歯医者さんでこの柄の部分を洗浄もしくは交換するのか聞いてみる方がいいですね。